Fyns 10 kommuner overtog projektet Havørred Fyn 1. januar 2007 fra Fyns Amt. Borgmesterforum, hvor de fynske borgmestre mødes, er politisk ansvarlig for
Havørred Fyn.

Ledelsen af projektet varetages af en styregruppe med en repræsentant fra hver kommune. Den daglige ledelse finder sted i Park og Natur i Odense Kommune, som fik projektet overdraget som led i strukturreformen, og som dermed er sekretariat for projektet.

Havørred Fyn er således et samarbejdsprojekt mellem de 10 fynske kommuner. Vandløbsprojektgruppen, der består af en repræsentant fra hver af de fynske kommuner, fordeler de fælles midler, der er afsat til forbedringer af vandløbene.

Fyns Laksefisk er fast samarbejdspartner som kommunerne har kontrakt med. Fra 2009 er der nedsat et Rådgivende Udvalg med deltagelse af nøglepersoner og interessenter fra både den offentlige og private verden. Udvalget mødes en gang om året for at diskutere projektets tilstand og fremtid.

Borgmestrene har vedtaget denne strategi på baggrund af en evaluering, som blev foretaget i 2008 af konsulentfirmaet Saabye, Stendrup & Partners. Evalueringen omfattede nogle overordnede aspekter af projektet, men fokuserede på turismedelen af Havørred Fyn.

Konsulentfirmaet Bangsgaard Natur- og Miljørådgivning har skrevet en status på vandløbsrestaureringer inden for de sidste 10 år. Fra Fyns Laksefisk er der en status over fiskeudsætninger i samme periode. I løbet af 2009, når der er nye data fra DTU-Aquas vandløbsbedømmelse i 2008, vil der blive udarbejdet en rapport, der vurderer sammenhængen imellem vandløbsforbedringer og vandløbenes produktion af ørredyngel.